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1、成分：水性马克笔使用水性墨水作为成分，而酒精性马克笔则是使用酒精作为溶剂，它们在书写或绘画时给人的感觉不同，水性马克笔写出来的字迹通常比较清晰透明，而酒精性马克笔则可能更加浓郁饱满，由于成分不同，两种马克笔的挥发性和干燥速度也不同。
2、颜色和用途：水性马克笔颜色比较鲜艳，常用于绘画和彩色手稿等场合，而酒精性马克笔的颜色种类则相对更多，除了绘画外，还可以用于书写文字等场合，由于酒精的挥发性质，酒精性马克笔在书写时干得快，不易蹭脏。
至于酒精性马克笔是否有毒的问题，正规品牌的酒精性马克笔墨水在合理使用的条件下是安全的，如果马克笔的墨水被误吸或误触到皮肤或眼睛，可能会引起一些刺激或不适，在使用酒精性马克笔时，建议保持适当的通风环境，避免长时间吸入墨水挥发的气体，对于儿童或宠物，也需要避免他们接触或误食墨水，虽然酒精性马克笔在一般情况下是安全的，但在使用时仍需谨慎。
信息仅供参考，如需了解更多关于马克笔的信息，可以咨询专业人士。